Es editora de Procesos de paz comparativos en América Latina (Stanford, 1998); En la estela de la guerra: democratización y conflicto armado interno en América Latina (Stanford, 2012); coeditor del populismo latinoamericano en el siglo XXI (Johns Hopkins 2013); y autor de Crossroads: Congress, the President, and Central America, 1976-1993 (Penn State, 2ª edición, 1993), entre otras publicaciones. Es miembro de la junta asesora editorial de Foreign Affairs Latinoamérica, la edición en español de la distinguida revista Foreign Affairs. También es miembro de las juntas asesoras de la Fundación Salvadoreña para el Desarrollo Económico y Social (FUSADES) y Human Rights Watch / Americas. Se desempeñó como directora asociada de la división de las Américas desde 1990 hasta 1994, cubriendo Colombia y América Central. A principios de la década de 1980, como consultor de Americas Watch, Arnson escribió muchos de los primeros informes de la organización sobre las condiciones de derechos humanos en El Salvador.

Arnson se desempeñó como profesora asistente de relaciones internacionales en la Escuela de Servicio Internacional de la American University de 1989 a 1991. Como asistente de política exterior en la Cámara de Representantes durante las administraciones Carter y Reagan, participó en los debates nacionales sobre la política estadounidense y los derechos humanos. en América Central y del Sur.